直肠中齿状线以上为植物性神经，没有痛感，以下为脊神经，有痛感。肛裂好发在齿状线下的肛管皮肤上，这部分最窄的组织神经密布，所以肛管的裂口，非常的疼。

不仅仅疼，这个裂口还十分的顽固，会在一次次反复裂开的过程中，从皮肤层深入到肌肉层，或者还会出现溃疡瘢痕。疼痛也不仅仅是在排便之后才痛了，会因为括约肌紧张形成周期疼痛：疼痛-缓解-高峰-缓解-再疼痛，持续数分钟或数小时。

肛裂容易反复的另一个原因是局部缺血。血液是人体营养成分的搬运工，一旦缺血，伤口自然不容易愈合，缺血的原因有两个：供应肛门局部的血来自于肛门动脉，而肛门动脉从两侧向中间分布，在肛门前后交叉，结果在肛门前后形成两个分布的薄弱区。内括约肌痉挛，造成肛管压力过大，血液循环差。